Dominantním zdrojem radonu je geologické podloží. Jelikož přírodní radionuklidy jsou ve stopovém množství ve všech horninách. Jedná se především o uran 238U. Uran tvoří samostatné minerály (např. uraninit - smolinec, uranové slídy) nebo je přítomen v horninových minerálech jako biotit, zirkon a apatit atd. Jednotlivé typy hornin dělené podle vzniku, mají značně rozdílný obsah uranu. Zjednodušeně se dá říci, že nejméně uranu a jeho rozpadových produktů je v sedimentárních horninách typu pískovců, jílovců a slepenců (tyto horniny byly již jednou zvětrávacím procesem rozrušeny, separovány, přetransportovány, usazeny a nakonec diagenezí zpevněny). Střední obsah uranu mají metamorfované (překrystalizované) horniny typu pararuly. Nejvyšší obsah uranu a jeho rozpadových produktů mají vyvřelé horniny typu syenitů, žul, granodioritů a pod. Tyto horniny vznikají utuhnutím magmatu, který vzniká přetavením hornin ve svrchním plášti Země. Při diferenciaci zemského tělesa (žhavotekutá fáze vývoje) došlo ke klesání těžkých prvků směrem ke středu Země a tím se stalo, že koncentrace uranu a jiných těžkých prvků s hloubkou roste. Z místa vzniku vystupuje magma obohacené radionuklidy do zemské kůry, kde tuhne a vytváří tělesa intruzivních vyvřelin, které nazýváme plutony, batolity, lakolity nebo tvoří v podloží žilné vyvřelé horniny. Protože horninové složení českého masívu je z velké části tvořeno právě vyvřelými a metamorfovanými horninami (krystalinika), je zřejmé, že přísun radonu, z tohoto radionuklidy obsahujícího podloží, je vyšší.
Radioaktivní plyn radon se rozpouští ve vodě. Podzemní voda, která proudí skrz horniny a zeminy obsahující radon, je tímto plynem nasycována. Nejvyšší obsah radonu z tohoto důvodu vykazuje spodní voda v geologickém profilu tvořeném vyvřelými horninami (žula, pegmatit, porfyr, syenit), nižší v oblastech se zásaditými horninami (gabro a diabas) a nejnižší v sedimentech (vápenec, pískovec). Při využití této vody pro zásobování pitnou a užitkovou vodou, dochází k uvolňování tohoto plynu v objektech. Radon se z vody dodávané do budovy uvolňuje do ovzduší např. při sprchování, mytí, praní apod. I přes lokální krátkodobé vysoké koncentrace, není tento zdroj radonu nijak významný.
Zdrojem vyšších objemových aktivit radonu v ovzduší objektu může být i zvýšený obsah rádia 226Ra (poslední prvek v rozpadové uranové řadě před radonem) ve stavebních materiálech. Jejich základem jsou většinou horniny, zeminy a stavební materiály s často velmi rozdílným obsahem uranu. Materiály nejsou obvykle používány v původní formě, ale jsou drceny, mlety a tepelně upravovány, což může vést k většímu uvolňování radonu z povrchu zrn a tím ze stavebního materiálu do interiéru objektu.